O diretor Josh Boone revelou que a sequência de Os Novos Mutantes se passaria no Brasil e teria Antonio Banderascomo o grande vilão. Em entrevista à EW, o cineasta revelou que haviam planos para uma trilogia, com cada filme abordando um tipo de terror. O primeiro longa terminaria com uma cena-pós créditos que serviria como gancho para o segundo, mas a fusão entre Disney e Fox fez com que os X-Men fossem incorporados pelo Marvel Studios, que fará “suas próprias coisas” com os personagens.

Em seguida, o diretor revelou que a cena mostraria o antagonista da sequência, interpretado por Antonio Banderas. O ator viveria Emmanuel da Costa, o pai de Roberto da Costa, o mutante brasileiro Mancha Solar. No segundo filme, que se chamaria Novos Mutantes: Brasil, Emmanuel estaria perseguindo a mãe de Roberto, o que levaria o grupo à terra natal de seu colega. Sem entrar em detalhes sobre a trama, o cineasta citou a ligação entre o vilão e o Clube do Inferno, grupo responsável pela corrupção de Jean Grey durante a Saga da Fênix Negra. O longa apresentaria também os mutantes Warlock e Karma, que inicialmente seria uma antagonista até finalmente se unir ao time.

Porém, o cineasta acredita que a franquia pode ganhar novos capítulos, caso Novos Mutantes vá bem nas bilheterias:

“Esperamos que faça muito dinheiro para que possamos fazer o segundo. Ficamos muito para baixo com tudo o que aconteceu. Com a fusão e tudo. Não tinha nada a ver conosco pessoalmente e teve um impacto em todos os filmes da Fox na época.”

Além de Mancha Solar (Henry Zaga), o grupo de jovens mutantes da Marvel é composto por Magia (Anya Taylor-Joy), Miragem (Blu Hunt), Lupina (Maisie Williams) e Míssil (Charlie Heaton). O longa acompanha o quinteto chegando à clínica comandada pela Dra. Cecilia Reyes (Alice Braga). Porém, não demora muito para descobrirem que o local esconde ameaças.